魔法。作为现实中的技术已经确立约一个世纪。在国立魔法大学附属第一高中，简称“第一高中”，一对兄妹入学了。身为魔法师却有致命缺陷的劣等生哥哥达也，和完美无缺的优等生妹妹深雪。两人的学生生活充满了接连不断的激动日子。 政治结社《Blanche》的袭击，九校战中香港系国际犯罪集团《无头龙》的介入，大亚联合军对横滨的进攻，附在人类精神上并改变其性的魔物寄生虫的出现，以及USNA军魔法师部队总队长安吉·西里乌斯，即安洁莉娜·库道·希尔兹的来访。 动荡的一年结束了，成为二年级生的两人的生活也逐渐发生变化。四叶家派来的桜井水波将与达也同住，达也转到了新设的魔法工学科，简称《魔工科》。本应与深雪一起度过平静的校园生活，但世界并不会允许这种平静。 于是，波澜再起的日子，再次拉开帷幕。
