在年号“平成”二十几年21世纪的日本，延续著由江户时代开始的德川幕府，第25代将军德川庆康统治的盛世日本。 距离首都百公里的圣峰富士山山麓之上建立的巨大学园“武应学园”。由德川家组成的学生会，执行对反抗的丰臣派的“丰臣狩猎”，在学园中掀起的巨大风暴。 就读“武应学园”亦身为柳生道场代理教练职务的柳生宗朗，对学生会的“丰臣狩猎”行动抱持疑惑，在道场中独自进行练习时，一名全身赤裸带着大小两把日本刀的少女穿过道场屋顶从天而降， 少女自称柳生十兵卫三严，并且使用华丽的剑术，击退带领风纪委员会来犯的服部半藏。之后一群拥有历史上有名武将之名的少女们也相继出现在宗朗面前……
