L'inquiétude est grande. En dépit des recherches ordonnées par le président, le Dr Robotnik reste introuvable. En réalité, il prépare un nouveau plan de conquête de la Terre, et envisage déjà le commencement du désastre pour les humains. Après avoir libéré le Chaos, enfermé dans l'Émeraude Mère, il le fait attaquer Station Square en lui donnant deux émeraudes. Mais Sonic et Knuckles contrarient ses plans.
